La tomate cerise... est considérée comme l'ancêtre direct des tomates cultivées modernes et est la seule tomate sauvage trouvée en dehors de l'Amérique du Sud. "[5] On pense que la tomate a été domestiquée pour la première fois dans la région de Puebla-Veracruz au Mexique et  avoir atteint cette région depuis l'Amérique du Sud sous la forme d'une tomate cerise adventice.[5]
 La première référence directe à la tomate cerise apparaît en 1623, dans un ouvrage intitulé Pinax theatri botanici (anglais : exposition illustrée de plantes) du botaniste suisse Caspar Bauhin, qui contient des descriptions et des classifications d'environ six mille espèces.  Dans une section sur "Solanum" (morelles), Bauhin a écrit à propos d'une variété appelée Solanum racemosum cerasoru[m] forma, qui se traduit par "Solanum [c'est-à-dire] plein de grappes [racemosum], en forme de cerises".